媽祖，是人們對海上女神的親昵稱呼。據宋代的文獻史料記載，她是莆田湄洲一位姓林的女子。

林姓是福建望族之一。閩林始祖林祿，在晉永嘉元年（307）以黃門侍郎瑯琊王司馬睿渡江鎮建業（今南京市）。十年之后，司馬睿于建業即帝位，是為東晉元帝，林祿以招遠將軍散騎常侍領合浦太守。太寧三年（325），林祿奉敕守晉安（今福建省之閩中、閩西和閩南沿海地區，治所在福州），卒贈晉安郡王。林祿的十世孫林茂，于隋代遷居莆田北螺村（今西天尾紫霄山一帶）。迨至十六世孫林披，又遷澄渚（今西天尾鎮澄渚村）。

（林披于唐天寶十一年（752）明經出身，官終檢校、太子詹事、蘇州別駕，賜紫金魚袋、上柱國，生九子，名葦、藻、著、薦、蘊、蒙、邁，皆官至州刺史（即州牧），世稱“九牧林”。

媽祖的七世祖林蘊，在“九牧”兄弟中排行第六，唐貞元四年（788）明經出身，辟為西川節度推官。元和元年（806），西川節度使劉闢謀反，派劊子手持刀脅迫林蘊隨他反叛，林蘊毫無畏懼地叱罵：“死即死，我頸豈頑奴礪石耶？”劉見其大義凜然，終不敢殺。川亂平后，擢為邵州刺史。卒后賜謚“忠烈”。林蘊后裔有一支居湄洲灣沿岸，地名叫忠門，即表其“忠節”之意，現在地名仍舊。

媽祖的高祖林圉，五代時仕閩。曾祖保吉，仕后周，顯德元年（954）任統軍兵馬使，鑒于天也紛亂，棄官歸隱。祖父名孚，官福建總管。

媽祖的父親名惟愿（一說名惟愨），宋初官都巡檢，母親王氏，生一男（名洪毅）、六女。媽祖是這個家庭中的最小女兒。

媽祖誕生于宋建隆元年（960）三月二十三日。在她出生之前，父母已生過五個女兒，十分盼望再生一個兒子，因而朝夕焚香祝天，祈求早賜麟兒，可是這一胎又是一個女嬰，父母大失所望。就在這個女嬰將要出生前的那個傍晚，鄰里鄉親看見流星化為一道紅光從西北天空射來，晶瑩奪目，照耀得島嶼上的巖石都發紅了。所以，父母感到這個女嬰必非等閑之女，也就特別疼愛。因為她出生至彌月間都不啼哭，便給她取名林默。

林默幼年時就比其他姐妹聰明穎悟，八歲從塾師啟蒙讀書，不但能過目成誦，而且能理解文字的義旨。長大后，她決心終生以行善濟人為事，矢志不嫁，父母順從她的意愿。她專心致志地做慈善公益的事業，平素精研醫理，為人治病，教人防疫消災，人們都感頌她。她性情和順，熱心助人。只要能為鄉親排難解紛，她都樂意去做，還經常引導人們避兇趨吉。人們遇到困難，也都愿意跟她商量，請她幫助。

生長在大海之濱的林默，還洞曉天文氣象，熟習水性。湄洲島與大陸之間的海峽有少礁石，在這海域里遇難的漁舟、商船，常得到林默的救助，因而人們傳說她能“乘席渡海”。她還會預測天氣變化，事前告知船戶可否出航，所以又傳說她能“預知休咎事”，稱她為“神女”、“龍女”。

林默十六歲那年，有一次父兄出海未返，天氣突變，颶風大作，狂濤怒威。她預感這次父兄航海必然兇多吉少，急得痛哭流涕。不久，風浪稍息，她便駕舟出海尋覓父兄。父親果然被她救了回來，但其兄尸體尚未找到。于是，她安慰了父親后，自己又奮勇駕舟出海尋找兄尸，終于在茫茫大海中，把其兄尸撈回安葬。鄉親們對林默這次救父尋兄的行動，無不嘖嘖稱贊。

宋太宗雍熙四年（987）九月初九，是年僅二十八歲的林默與世長辭之日。這一天，湄洲島上群眾紛紛傳說，他們看見湄峰山上有朵彩云冉冉升起，又恍惚聽見空中有一陣陣悅耳的音樂……。

從此以后，航海的人又傳說常見林默身著紅裝飛翔在海上，救助遇難呼救的人。因此，海船上就逐漸地普遍供奉媽祖神像，以祈求航行平安順利。